高务实之所以自认为他在兵部一阵捣鼓之后，经世实学改革便已经进入到了新的阶段，也是有原因的，其中最主要的原因就是随着京营被分为禁卫军和生产建设兵团，五军都督府的性质出现了变化，甚至在某种程度上可以说，是连朱元璋定下的“军籍”制度都被他悄悄动摇了。
众所周知，大明军民分籍。所谓军民分籍，就是把老百姓分为两种。一种是“军”：每家世世代代要有一个人当兵或军官。另一种是“民”：世世代代均免除兵役，除非是自愿投军的。
朝廷的户籍因此也有两套，一套是军户，一套是民户。
这是来元璋所手创的奇特制度，总的来说综合了汉的屯田、唐的府兵，与宋的尺籍。朱元璋本人很以此种军民分籍自豪。他说：“朕养兵百万，不费国家一钱。”
朱元璋早在占有和州之时，就开始试行军士屯田：拿下了南京及其外围以后，更是十分注意于此。他的军队，从不缺乏粮饷，因此才能做到对人民秋毫无犯，到哪里都受欢迎。
洪武元年，天下事已经大定，他开始考虑如何于胜利以后，安顿庞大数量的军官与兵士。
裁减，编遣，复员，都不是好办法。
裁谁？不裁谁？编谁？遣谁？复员，复到哪里去？复到农村，农村吃不消；“退伍军人”无田，无牛，无农具，无种子，也复不进农村！真要去了，那全都是地方上的不稳定因素。
于是，朱元璋想出了这个军民分籍的办法，不仅安顿了兵士，酬庸了军官，而且替他自己与他的子孙保存了庞大的军事力量，也就是替大明帝国维持了长治久安的国防军。
当时朱元璋的办法大体是这样的：兵士，每人赏官田五十亩。条件是当兵到老(六十岁)；老了或死了以后，由儿子孙子一代一代地继承下去。每代只须有长子一人服役，次子以下作为“余丁”，也就是补缺的兵。不过这五十亩田也要纳税(称做粮)，每亩二斗四升，但并不运到中枢朝廷或地方官府，而是集中储藏起来，预留为可能出现战事时的军粮军饷。
军官，每人封一个“世官”：最高的是指挥使，管一个卫，其次有“千户”、“百户”，管千户所与百户所，最小的是镇抚，有资格管一个总旗或小旗。千户有正有副，百户之下有所谓“试百户”。指挥使与正千户之间，有所谓指挥同知、指挥佥事、卫镇抚。
总而言之一共分作九等。
至于大军官有大功劳的，封为指挥使不够，那便封国公、封侯、封伯、封子、封男。这五等封爵，不属于“卫所体系”以内(后来不封子、男两级了)。
卫所的军官与兵士，分别居住于指定的地区以内，遍于全国。而全国的卫所，在洪武十三年的时候，共有四百九十三个卫，卫之下各有若干千户所、百户所。独立的干户所有三百五十九个。
此外，属于羁縻性质的边境卫所，也有四百多个。“世官”的总数，在洪武二十三年，有一万六千五百名左右。“世兵”的总数，有一百二十万名左右。
当时大明全国的总人口，依照洪武二十六年的统计，是六千零五十四万五千八百一十二人(注：不确定这个数据的“人口”是不是仅指丁口)。
军籍单独开列于民籍之外(其实还有匠籍，属工部管理)，这为“大都督府-五军都督府”前期的强势打下了坚实的基础。
大都督府的往事，限于篇幅关系，这里就不说了，单说五军都督府。五府的设立，始于洪武十三年。朱元璋以大都督府事权太重，将大都督府一分为五。“十三年，改大都督府为中左右前后五军都督府，分领在京各卫所及在外各都司卫所。”
虽然五府的设置目的是为了分化兵权，但这仅仅是对于军事系统内部的调整，而且朝廷五府所掌管的仍然是一支实力雄厚，能征善战的卫所军队，其在权力基础上与大都督府时期并没有改变，所以五府还是继承了大都督府的一些权力，只是具体到高级将领们手头的权力，则相应地被分化了一些。
但五府分权并没有彻底打消朱元璋对于军权过重的顾虑。用于分治兵权的办法，除了五府五军相制这种武臣互制之外，最主要的便是利用文官系统中的兵部去制衡五府。
其实，早在中书省和大都督府尚未废除之时，这种相制之法就己开始实施。当时，命中书省兵部定给武官诰敕之制。在程序方面不但需要由大都督府将武官资料转交兵部，又考功监察对其资格审査，再移交翰林院撰文，司文监校勘，中书舍人书写然后在交由承敕、考功二监等等，一系列繁杂的文移手续之后，兵部才能给予升授。整个过程当中，兵部和大都督府都不可以专擅武官的选用。
最重要的是，兵部设立之后有奉旨调兵之权而无统兵权，五府有统兵之权而无权调兵，“凡军制内外相维，武官不得辄下符朝廷征发”。遇有战事发生，由皇帝命将为帅，兵部奉旨调兵，调五府所掌辖卫所之兵佩印出征。军还即归印于朝，兵回卫所。
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