遭到这么多弹劾，孙传庭上疏自辩的同时，请辞蓟辽督师之职。朱由检便下旨，免去孙传庭蓟辽督师之位，改任南京兵部尚书。
从蓟辽督师这天下第一督抚，到南京兵部尚书，说不上是升官还是贬职，孙传庭原先就挂兵部尚书衔算是平调，南京又是陪都，权力当然没有当蓟辽总督那么大。但在南京，六部职位都是用来养老，兵部尚书却不是，而是掌管南方兵权的，算是南都官员之首。从这方面来说，孙传庭又算是升官了。
朝臣们猜不透朱由检的用意，见孙传庭被打发到南京“养老”，也就不再闹腾了。
蓟辽总督出现空缺，想做这个职位的纷纷钻营，但都被朱由检否决。朱由检宣布，不再设蓟辽总督之位，辽东一应事务由辽东经略卢象升负责。
卢象升刚刚立下大功，即便升任蓟辽总督也无可厚非，不过辽东经略职位除了不管蓟州，论职权和督师相差不多。
卢象升率军撤回了辽西，留下了三营禁卫军在辽西驻防，其他禁卫军都返回北京城。
朝廷的封赏下来了，卢象升因直捣黄龙立下奇功，被加封为太子少保，左副都御史，挂兵部尚书衔经略辽东，正式成为正二品大员。
诸将中，以赵率教和曹文诏功劳最大，经过朝廷商议，加封赵率教为平辽伯，加封曹文诏为定辽伯。有明以来，升官容易，封爵困难，别看只是伯爵，却极为难得。实在是赵率教在和建奴作战中立下功劳太大，都有斩首数千之功。而这二人，也成了唯二获得爵位者。
事实上此次大战，立下大功的将领还有很多，比如曹变蛟，也曾独领一路军队，击杀数千建奴，比如周遇吉，也曾攻下数州，击败建奴贝勒德格类，论功绩也够得上封爵，但这二人在辽阳之战中，不经请示擅自下令放火烧城，遭到了孙传庭弹劾，经过朝廷商议后，剥夺了对二人封爵，仅升了武官品级两级，仍为总兵，赏赐若干金银。
再比如张世泽，曾率军击败俘虏了两万蒙古兵，又率军及时支援了孙传庭，迫退了黄台吉，立下的功劳比谁都大。但张世泽已经是英国公世子，下一任英国公，自然不能再给他爵位。当然，朝廷也不能亏待了功臣，朱由检下旨，加其父英国公张之极为太保荣衔，升其为不管事的五军都督府大都督，给与极大荣耀。这些虚衔对大明第一勋贵来说其实无所谓，但却意味着勋贵掌兵权的开始。
其他如黄得功、陈永福、刘兴祚等将，也各有升赏，升官萌子册封母亲妻子为诰命等等，不再一一赘述。
立功最大的便是禁卫军一系将领，若是算上远在福建的李彦直，现在禁卫军一系已经出了五位总兵！
便是新近归明的李延庚，也得到了朝廷嘉奖，被封为游击将军，归属辽东经略管辖。而骑兵队长李鸿基，因为擒获了建奴贝勒岳托，立下大功，也当上了游击将军，受命镇守宁远杏山堡。
从辽东救回了数万汉奴包衣，这些人一部分被送进了关内，大部分则就近安置在辽西。杏山堡松山堡数个堡垒在去年被建奴屠光，至今没有恢复，正好可以安置一部分救回的辽人，这几个堡垒虽然被摧毁，但基本建筑还在，很多房屋稍加收拾便可住人。另外建奴退却，无力进攻大明，广宁等地也可以慢慢恢复，用来安置更多的辽人。
李鸿基作为新任杏山堡守备，游击将军，现在手握军队千余人，杏山堡所属辽民五六千人，从昔日的驿丁一跃成为朝廷高级军官，自然意气风发。
“陛下下旨停征辽饷，看似不思进取，却是忧国忧民的圣明之主。和建奴交战这些年，大明百姓确实疲惫万分，亟需休养生息。”李鸿基对侄子李锦说道。
李锦现在也当上了千户，仍然在李鸿基麾下效力，听了李鸿基的话，疑虑道：“可这样的话也给了建奴喘息之机，假以时日建奴若是恢复了实力，恐怕还是大明心腹大患。”
李鸿基摇了摇头：“你不懂陛下深意，陛下之所以留着建奴，并非心慈手软，而是要用建奴当作磨刀石，使得禁卫军不生惰意。
建奴毕竟人数太少，无论如何也不是大明对手，从此以后，大明和建奴攻守易势，我禁卫军将会不断的深入辽沈之间，袭击建奴，锤炼军队。如此，建奴会越打越弱，我禁卫军也会越来越强。”
“然后呢？”李锦问道。
“然后自然是先灭了建奴，再顺势灭了蒙古，马蹄踏处，尽是大明国土！”李鸿基笑道。
“想的倒好，就是不知要等到何年何月？”李锦摇了摇头，却没李鸿基这么乐观，实在是大明国内忧患颇多，哪有实力和精力攻略草原？
“陛下乃是一代圣主，用不了多少年，大明必然会中兴，到时便是攻伐草原之时！”李鸿基自信满满的道。
李锦有些恍然，自己这个当初一心造反成就大业的小叔，什么时候成了皇帝的铁忠？
“将军，到了收工的时候了。”就在此时，袁宗第走了过来。
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