击退黑暗势力在废弃星际堡垒的阴谋后，灵能多元合作联盟迎来一段沉重又紧迫的整顿期。混沌与黑暗的余毒，像顽固的污渍，黏附在联盟的各个角落，亟待清理与净化。
联盟医疗团队联合科研小组，全力投入到灵能净化技术的研发中。临时搭建起的实验室里，堆满了从各地收集来的受污染样本，有被黑暗灵能侵蚀的灵植、矿物，也有灵能脉络紊乱的患者血液与组织切片。专家们日夜钻研，试图剖析黑暗灵能的本质结构，找到能精准克制它的“解药”。
经过无数次实验，他们发现一种名为“星耀圣莲”的灵植蕴含特殊的净化因子。这种灵植生长于联盟某颗神秘星球的灵能温泉旁，极为稀有。联盟立刻组织专业采摘队，冒着星球上的高温与复杂灵能环境风险，小心翼翼采回足够数量的星耀圣莲。
以星耀圣莲为核心原料，搭配其他辅助灵物，科研人员打造出初代灵能净化药剂。药剂呈现出柔和的淡金色光芒，注入受污染样本后，黑暗灵能如冰雪遇暖阳，缓缓消散。可初期的药剂产量极低，且对重度污染效果不佳，只能解一时之急，远非长久之计。
于是，联盟号召全体公民参与寻找净化材料与方法。这一呼吁得到热烈响应，无数冒险者、探险家奔赴宇宙各处。有的深入危险的灵能遗迹，挖掘古代净化符文的奥秘；有的穿梭于星际黑市，高价收购可能有用的珍稀灵物；还有的与各地原住民交流，收集民间流传的灵能净化偏方。
在众人齐心协力下，净化技术逐渐完善。新型的灵能净化装置被研发出来，它形似巨大的灵能灯塔，矗立在各个关键星球与据点。装置启动后，能释放出覆盖范围极广的净化灵能波，持续冲刷区域内的黑暗与混沌气息，不仅净化环境，还能辅助治愈受感染民众。
随着净化工作推进，联盟也没忘记提升军事防御，以防黑暗势力再次来袭。“星耀灵能军团”展开特训，着重练习对抗黑暗灵能生物的战术。士兵们的灵能战甲增添了净化模块，能在战斗时瞬间释放出净化之力，驱散近身的黑暗侵蚀；战舰主炮也经过改良，装填特制的净化灵能炮弹，对黑暗堡垒、虫巢等目标杀伤力倍增。
幻光族与晶汐族同样没闲着。幻光族利用自身空间折叠与灵能操控优势，在联盟边境编织起一层隐蔽的灵能预警网，一旦有黑暗势力靠近，便能迅速发出警报，并通过空间跳跃派遣援军；晶汐族则倾尽全力，用灵能水晶打造出一系列防御工事，这些水晶工事不仅坚硬无比，还自带净化灵能场，能削弱黑暗灵能攻击。
就在联盟紧锣密鼓准备时，黑暗势力竟主动发起挑衅。他们派出一批黑暗灵能使者，大摇大摆来到联盟总部所在星球，公然宣扬要联盟解散，否则将释放更恐怖的混沌灾难。使者周身缭绕着浓郁黑暗气息，所过之处，地面被腐蚀出黑斑，民众惊恐万分。
杨博、林凡等强者出面应对，毫不畏惧地与黑暗使者对峙。“你们的阴谋已经破产，还敢来撒野？”杨博怒斥道，身上灵能光芒涌动，与黑暗气息激烈碰撞。黑暗使者冷笑一声，抛出一颗黑暗灵能炸弹，炸弹落地瞬间，黑暗灵能如黑色潮水般扩散。
好在联盟早有防备，净化灯塔立刻启动，淡金色光芒与黑暗潮水对抗，将其压制回去。“耀光箭队”趁势拉弓搭箭，射出蕴含净化之力的箭矢，直击黑暗使者。使者身形一闪，躲过箭矢，却被随后跟上的“星跃突击队”突袭，一时间有些狼狈。
见势不妙，黑暗使者不再恋战，留下狠话后逃离。众人明白，这只是大战前的序曲，黑暗势力定在酝酿更大规模的反扑。联盟紧急召开会议，决定主动出击，不能坐以待毙。根据情报部门追踪线索，锁定黑暗势力一处重要据点——位于死寂星系的黑暗灵能工厂。
舰队浩浩荡荡朝目标进发，沿途遭遇不少黑暗灵能陷阱与游击部队。但有了前期特训与准备，联盟军队应对自如。“磐岩卫队”撑起护盾，轻松挡下攻击；“耀光箭队”精准打击，消灭一波又一波黑暗游击者。
抵达黑暗灵能工厂时，眼前景象令人毛骨悚然。工厂宛如巨大的黑暗魔窟，四周烟囱喷出滚滚黑暗浓烟，刺鼻气味弥漫星系。工厂大门由厚重的黑暗金属打造，铭刻着邪恶的混沌符文，散发出强大的封禁力量。
联盟军队没有退缩，“星耀灵能军团”率先发动攻击，灵能主炮齐鸣，净化炮弹轰向大门。符文闪烁，大门吸收部分能量，却也出现裂痕。趁此机会，突击队发动空间跳跃，突入工厂内部。
工厂内阴暗潮湿，过道两旁是一排排巨大的黑暗灵能培养槽，槽内泡着各种扭曲的黑暗生物胚胎，散发着令人作呕的气息。黑暗工人操控着复杂机械，源源不断为培养槽注入能量，见联盟军队闯入，纷纷祭出黑暗武器反击。
杨博等人在前方开路，施展出最强技能清扫障碍。杨博的“七彩灵耀·混沌净化击”，将混沌与净化灵能完美融合，所到之处黑暗消散；林凡的“星辰浩渺·灵界净化杀”，利用星辰之力强化净化效果，斩杀黑暗生物。古灵儿、李婉儿和张瑶从侧面协助，冰系冻气冰封关键机械，金系破甲破坏能量管道，藤蔓系灵力束缚敌人。
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