正德末年，达延汗死后，蒙古各部又一度分崩离析，但到嘉靖中期达延汗的孙子俺答汗时，势力又兴盛起来，不断率其部众骚扰延绥诸边。嘉靖二十五年三边总督曾铣上疏请复河套，加强北方防务，这个建议得到首辅夏言的支持，但严嵩为了扳倒夏言，他把计划收复河套的曾铣说成是“以好大喜功之心，而为穷兵黩武之举”，借此杀了曾铣和夏言。从此，明朝廷内再无一人敢言收复河套事，俺答入犯的次数越来越频繁，规模也越来越大。
嘉靖二十九年六月，俺答再次举兵大举南下，攻掠大同，明军一触即溃，总兵张达和副总兵林椿皆战死。八月，俺答移兵东去，由蓟镇从间道攻古北口入犯，长驱直入，掠怀柔，围顺义，到通州，直抵北京城下，“大掠村落居民，焚烧庐舍，火日夜不绝”，京师大震。兵部尚书丁汝夔急忙部署防守京城事宜，然而当点阅京军册籍时，发现“是时册籍皆虚数，禁军仅四五万，老弱半之，又半役内外提督大臣家不归伍，在伍者亦涕泣不敢前”，于是只得急调宣府、大同、辽阳、蓟州诸镇兵入辕，“大同总兵咸宁侯仇鸾、巡抚保定都御史杨守谦等，各以勤王兵至”。当时明朝集合了五万援军，但却未及储备粮秣，以致军粮缺乏，当援军会集京畿时，“制下犒师，牛酒诸费皆不知所出。户部文移往复越二三日，军士始得数饼”。仇鸾虽率大同兵二万入京，世宗又以他为平虏大将军，统率各地援军，但却不敢出战。兵部尚书丁汝夔也“恇扰不知所为”，束手无策，只好闭门坚守，城外任俺答部焚掠。当政的严嵩认为俺答是抢食贼，不足患，“饱将自去”，暗示将官“惟坚壁为上策”，世宗也准备以“皮币珠玉”去向俺答求和。这样，明廷任凭俺答的军队在城外肆意掳掠达八日之久，最后俺答仍由古北口故道退去。因为这年是庚戌年，故史称“庚戌之变”，明朝又经过一场惊恐，度过一次危机。
俺答退兵后，于这年十二月遣使到宣府、大同，请求通贡，次年三月又遣使至宣府求通贡市。世宗准许先在大同开设马市，后宣府、延绥、宁夏诸镇也准许开市，每年两次。但一年之后，嘉靖三十一年初，俺答部又在大同边境骚扰，于是世宗下诏停罢马市，以致边境战事又起，明朝京师多次戒严。如嘉靖三十三年秋天，俺答部“攻蓟镇墙，百道并进，警报日数十至，京师戒严”。四十二年冬，大掠顺义、三河，京师戒严。
直到隆庆初年，形势才有所好转。随着明朝改革活动的展开，对九边的建设日益重视，边防因之得到加强。另一方面，蒙古贵族的入犯明朝，又往往遇到坚决抵抗，损伤颇多，再加上蒙古草原在经济上对内地的依赖关系增强，农牧业生产的发展和蒙汉人生活的需要，都更加迫切要求互市贸易，以换取布帛粮米和生产工具。在这种情况下，遂出现了“俺答封贡”。
隆庆四年，鞑靼内部再次发生矛盾，俺答汗与其孙把汉那吉因争夺“三娘子”为妻而翻脸。三娘子原为把汉那吉之妻，俺答见其貌美，夺为己妻。把汉那吉恚恨，遂于是年十月率妻子等十余人降明。大同巡抚方逢时接受其投降，并报告宣大总督王崇古。他们共同上疏极力主张乘此机会优待把汉那吉，“因与互市”，采取安抚政策。
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