25日，东岸直接将大部分炮兵（含四门攻城重炮）派到南昌城下助郭升部攻城，同时开始收拢兵力，准备撤出已盘踞多日的进贤县一带。盖因此时王得仁这个流贼出身的明将终于排除南明朝廷的干扰和阻挠，派出七万名还算堪战的士卒北上，兵进饶州府。与沈永忠部三万余人更深地纠缠在了一起，彻底断送了沈永忠打通陆上交通线，为耿仲明解围的企图。而此时，东岸三万余军也开始收拢、分批撤退，其第一批挺身队第二大队二千余人于27日在南康府星子县登陆，然后迅速巩固滩头阵地，接应后续兵马的到来——这个时候。最近从江北偷渡过江的清军总数已经超过了一万七千，并初步摆脱了德化、瑞昌一线少许顺军偏师的干扰。抛弃辎重、一路向南疾进，估计很快就会与东岸大军迎头撞上。
28日，郭升部打破附郭的新建县，歼灭耿部残兵三千、俘获二千余。然后将东岸炮兵请进了城内制高点，用大炮猛轰仅仅一墙之隔的南昌县，耿部官兵士气更加低落，伤亡也急剧增加。
29日，已经登陆了大半主力的东岸军队在星子县以西与清军遭遇。可怜这偷渡的一万多清军皆轻装疾行，一路上抛弃了大量辎重，此时正是疲累欲死的阶段；而好死不死的是，他们这上万人因为军情紧急还分做了三拨，第一拨迎头撞上的仅仅只有四千余人……
虽然炮兵主力已调到了南昌。但好整以暇的东岸大军以逸待劳，黑八旗、陆军火枪手、挺身队第二大队等精锐尽出，一战摧破此股清军。毙伤俘达两千余人。溃散的清军跑得漫山遍野都是，东岸人也懒得去抓，而是顺手拿下已开城请降的星子县，一边休整一边准备拦截剩下的偷渡清军（也不会忘了搜罗人口）——当然如果遇到数万人的清军大队顶多骚扰牵制一下，硬仗是不会打的。
31日，在又击溃了一支南下的三千余人的清军后。东岸军队也已搜罗到了七千余人口，然后在星子县湖岸边展开了繁杂的转运工作。这个时候。经过近四天时间的猛轰，南昌县城墙及城内建筑已多处坍塌，郭升派出万余精锐杀进了城内并控制了相当部分城区，耿仲明部死伤惨重、指挥混乱，他本人带着核心兵马数千人退守府衙一带，做困兽之斗。
8月3日，孔有德率领的大军出现在武宁县一带，而郭升下令用降军做先锋，不计伤亡猛攻南昌府衙，关键时刻甚至下令纵火焚烧民宅，终于在战至傍晚时分彻底攻克了这片区域。最后时刻，耿仲明率亲兵千余人欲溃围而出，被乱箭射杀当场，其部属欲降未果，尽被诛杀。一代汉奸带着两万残兵困守南昌城，前后竟然只坚持了12天即城破身死，落得此等下场，也是可怜可叹。
8月5日，此战亦伤亡颇大的郭升（前后伤亡达二万五千余）下令撤出已有疫病苗头的南昌城，然后率先后汇集过来的近五万人马北上建昌县，已打出些凶性的他们，打算会一会孔有德的六万大军（收拢了部分渡江零散清军）。孔有德在湖北厮杀多年，深知顺军的战斗力远不是明军可比，故在闻知耿仲明已败亡后，即刻下令就地停驻，并向坐镇襄阳的英亲王汇（报）报（丧），等待下一步的指示。
而此时的东岸人，在星子县搜罗完人口后，于8月7日再度分批渡船南下，到饶州府鄱阳县以南地区登陆，似乎有那么一丝威胁到了东面沈永忠部三万余野战集群侧翼的味道。不过儒尼奥尔也向刘海洋明说了，沈永忠不是什么庸将，麾下部队还算能战，反观王得仁的部队扩军太快，战力孱弱，自是不能指望他们像郭升那样发狠玩命强吃耿仲明部数万人。
于是乎，东岸人一边派出兵马作势欲攻沈永忠部外围小股部队，同时亦派出使者撺掇王得仁尽起主力围攻沈永忠部3.5万人，但意料之中地被某位在王营中神气活现的“学士”给拒绝了，故只能作罢，转而蒙头收集起了人口。但这种事情竟然惹得那位学士不快（许是不少士绅前去明军营中哭诉），导致东岸大军一度与明军剑拔弩张，差点就火拼了起来。好在王得仁不是不晓事的人，双方之间的摩擦终究没能升级为武装冲突，但通力合作给予沈永忠部数万人重创的事情自然是免谈了。
不过王得仁也遣人透露了一个重要消息给刘海洋，即陈泰已率二万精锐（其中满蒙汉八旗即有五千余人）人马开进了池州府一带，并接引到了数千名败退至那里的黄州府清军，打算与沈永忠部合流后，恢复对赣东北地区的控制。而控制该地区的第一步，自然是把极为碍眼的马当镇要塞给敲掉了，不然万事休提。
刘海洋闻讯后便召开军事会议问计，大伙一致认为该撤兵了，此战以零敲碎打的形式前后毙伤俘清军二万余人，抓到了十万余明人移民（在将近四个月的时间内差不多已运走七万人，盖因停泊在马当镇的机帆船总吨位超过了2.5万吨，此外还有四五百艘小船，运力极为强大），粮草牲畜金银书籍艺术品更是无法统计，而自身的伤亡仅仅只有四千余人（其中大部分还是由疫病引起的，北方籍士兵似是很难适应潮热的江西气候），算起来还是赚了的。
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